A sub-bacia do rio Juruena cobre uma área de 191 mil km2 e tem 21% do território (EPE, 2010) em unidades de conservação e terras indígenas. Ela abriga as principais nascentes do rio Tapajós, notadamente por meio das microbacias do rio Arinos, Papagaio, Sangue, Peixes, entre outras. É assim um importante berço das águas da bacia Amazônica.
