Na bacia do Juruena vivem 10 etnias indígenas diferentes: Apiaká, Kayabi, Munduruku, Enawenê Nawê, Rikbaktsa, Paresi, Manoki, Myky, Nambikwara, Bakairi e um povo isolado, isto é, ainda sem contato. Aproximadamente 5.000 indígenas vivem na região em 12 terras indígenas.
